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1939年8月，由路德会协同神学院组建办学，取名“文德中学”，招收初一新生两个班80人，后因办学经费不足，主要招收新生补习，实为补习学校。
1941年8月，文德中学提出申请：将校名更为“私立万县协同初级中学”。
1942年4月，经四川省教育厅所派督学视察学校，通过“协同中学立案”。
1943年6月，协同中学第一届初中毕业。
学校剪影(18张)
1946年春开始招收高中学生。
1949年3月，四川省政府以教二字第07575号训令，准予“私立协同中学立案”。
1950年12月23日，协同中学全校师生代表联席会议决定：永远与教会断绝关系，坚决拥护党和人民政府的领导，成为人民的学校。
1951年1月2日，万县市人民政府正式接管协同中学，更名为“川东区万县市第二中学”。
1952年9月1日，经四川省人民政府批准更名为“四川省万县市第二中学”（简称“万二中”）。1954年迁入新址。
1959年9月经万县地委、专署研究决定，万二中为万县专区重点中学，校名为：四川省万县第二中学。
1962年至1964年，万二中高中在万县地区范围内招生，名副其实地成为万县地区配培养优秀高中学生的摇篮。
（1966年6月——1976年9月）十年文化大革命浩劫，万二中遭受重大损失。
1971年4月，学校更名为“四川省万县市第二中学”。
1978年10月“文化大革命”结束，万二中再次获得新生。
1980年4月学校被确定为四川省首批办好的重点中学，随着我国改革开放前进的步伐，万二中由此进入了重铸教育辉煌的新时期。二十多年来，万二中积累了丰富的办学经验，创下了骄人的教育教学业绩，
1993年3月万县地区撤地建市，学校被确定为万县市教委直属学校。重庆成为直辖市后。
1998年9月，万二中被确定为市属首批重点中学，校名更为“重庆市万州第二中学”。
2002年5月更名为“重庆市万州第二高级中学”。
2008年10月9日—10月16日，乌克兰切尔卡塞市城市一中青少年友好交流团一行9人到万州区第二高级中学进行交流访问。
2009年4月30日 是万二中建校70周年庆，各界隆重祝贺
2009年5月23日至6月4日，应乌克兰切尔卡塞市市长Sergiy Odarych之盛情邀请，万州二中党委书记、校长冯李平率学校青少年友好交流代表团成功回访了乌克兰。代表团由党委书记、校长冯李平任团长，外语组组长许传俊老师为助手，成员包括高2010年级的孙思、朱雨潇、汤梓苓和高2011年级的李曌、张文博、刘映玥、汪宁馨、郭策等八名学生。